Le FIA est institué par la modification de la loi sur les eaux du 29 novembre 2013 (LEaux-GE) (L 2 05). Il a pour but de financer la réalisation, l’extension, la transformation, l’entretien et l’exploitation du réseau d’assainissement secondaire dont la responsabilité incombe aux communes.
La gouvernance du Fonds est confiée au Conseil du FIA, composé de 5 membres, une personne déléguée de la région Rive droite, une de la région Arve-Rhône, une de la région Arve-Lac, une personne représentant la Ville de Genève et une représentant le département cantonal chargé de la planification de l'eau.
À l'exception du membre représentant la Ville de Genève, désigné par le Conseil administratif, et de celui représentant le département cantonal désigné par l'autorité en charge, les membres du Conseil sont désignés par l'ACG parmi les membres des exécutifs municipaux en exercice.
Le FIA a son siège auprès de l'ACG, qui en assure le secrétariat ainsi que la gestion opérationnelle, comptable, administrative et financière.
