L'ACG est dirigée par un Comité de treize membres, pris parmi les représentants des communes à l’Assemblée générale, élus pour cinq ans par l'Assemblée générale à l’occasion de l’assemblée générale ordinaire qui suit le début de chaque législature municipale. Les membres sont rééligibles.
Il est constitué de façon à assurer une représentation géographique et démographique équitable des communes, un siège étant réservé à la Ville de Genève. Une commune ne peut pas être représentée au Comité par plus d’un membre.
Le Président est élu par l'Assemblée générale parmi les membres du Comité pour une période de deux ans, reconductible une fois.
Il est assisté de deux Vice-Présidents. Le représentant de la Ville de Genève à l’ACG est Vice-Président de droit. Le second Vice-Président est désigné par le Comité en son sein.
Le Comité administre l’ACG sous réserve des compétences de l’Assemblée générale et de délégation au Directeur général. En particulier, le Comité :
- exécute les décisions prises par l'Assemblée générale;
- représente l'ACG;
- engage et révoque le personnel et fixe ses conditions de rémunération;
- convoque l’Assemblée générale;
- établit le rapport d'activité de l'exercice écoulé, ainsi que les comptes annuels et les présente à l'Assemblée générale;
- présente les budgets à l'Assemblée générale et propose le montant de la cotisation annuelle;
- reçoit les candidatures pour les élections, respectivement les désignations dans les entités visées à l’art. 11 al. 2 ch. 1, et adresse au besoin ses recommandations en vue de l’élection du comité, en regard de l’article 15 al. 2;
- désigne les représentants des communes ou de l’ACG dans les entités et commissions cantonales ou intercommunales pour lesquelles l’Assemblée générale ne s’est pas réservé cette compétence par voie de règlement;
- désigne les membres de son Bureau, sous réserve du Président et du représentant de la Ville de Genève qui y siègent de droit.
Son renouvellement a eu lieu lors de l’Assemblée générale ordinaire qui s'est tenue le 26 septembre 2020.
Sa composition pour la législature en cours, soit 2020-2025, s’établit comme suit :
Présidence
Gilbert Vonlanthen
Conseiller administratif de Bernex
Vice-présidence
Laurent Jimaja
Conseiller administratif du Grand-Saconnex
Alfonso Gomez
Conseiller administratif de la Ville de Genève
Membres
Karine Bruchez
Maire d'Hermance
Vincent Hornung
Maire de Céligny
Carole-Anne Kast
Conseillère administrative d'Onex
Cédric Lambert
Conseiller administratif de Versoix
Stéphanie Lammar
Conseillère administrative de Carouge
Gilles Marti
Maire de Puplinge
Catherine Pahnke
Conseillère administrative de Cologny
Philippe Schwarm
Conseiller administratif de Pregny-Chambésy
Philippe Thorens
Conseiller administratif de Collonge-Bellerive
Direction générale
Nicolas Diserens
Directeur général